于是到了朱允炆这一代也就成了心腹大患，这些藩王以燕王朱棣为首，全都是他的叔叔们，以前朱元璋在的时候，都不怎么把他当回事儿，更何况现在老头子不在了，所以他心里非常担心。于是就和自己的亲信们密谋，要不咱削藩吧。

当时他的朝廷被人们称为“秀才朝廷”，一方面是他重用读书人，另一方面则是武将宿将功臣全都被朱元璋杀了，有真知灼见的人并不多。而建文帝依赖的齐泰和黄子澄这些人更是白面书生，没什么能力，出的主意往往也不到位。但是他们还是下了决心，锐意削藩。

说干就干，建文帝选择第一个削藩的目标是周王，之所以这样做就是因为周王和朱棣是亲兄弟，他为了对付朱棣，先剪除他的左膀右臂。

当时朝廷里的人都主张削藩，但是如何削藩却有着不同的意见，很多人都主张用怀柔的手段，比如效法汉朝的推恩令进行削藩，这样不至于激发变乱。可是建文帝显然太年轻，太心急，他居然派人秘密地把周王给绑票了，像黑社会一样，名不正言不顺。

这样一来就搞得藩王们人人自危，尤其是周王的兄弟燕王朱棣，他很清楚小皇帝是冲着他来的，而他又是一员能征善战的武将，肚子里的墨水不是很多，有人曾经评价他是半文盲。所以他打算用军人的方式来拯救自己。

建文元年7月，燕王朱棣承受不住来自朝廷方面的强大压力，在姚广孝等人的游说之下，打着“清君侧”的名义，举兵造反，来开了长达四年的叔侄战争，史称“靖难之役”。从战争一开始，大家就可以看出建文帝的年轻和幼稚了。

他本来以全国敌一隅，那是稳操胜券，但是他低估了燕王的能力，忘记了他是个沙场上的名将。一开始的时候，他借故调走了燕王的亲兵，然后命令宋忠率兵三万驻军开平，另外在山海关还有军队协防，把燕王给团团包围了起来。

可是他万万没有想到，他派出去的人都是脓包（好的都被朱元璋杀了），根本不是朱棣的对手，几个回合下来，这个包围圈就被打破了，而且被揍得很惨。

八月，建文帝下令耿炳文率领13万大军攻打燕国，没想到兵败真定，建文帝于是又换上了李景隆率领五十万大军进攻，可是没想到李景隆更加的脓包，五十万人差点全军覆没。建文帝了解到他是个脓包之后，立即又换上了保卫济南的名将盛庸。盛庸倒是打了几场胜仗，但明军主力已经不在，很难挽回败局。建文帝三年，燕王朱棣一路南下，来到了南京，李景隆和谷王打开了金川门投降，可是建文帝却失去了踪迹。

对于这个突发的情况朱棣表现得还是非常着急，急忙下令去找，最后给出的答案是两种可能，一种就是在皇宫下面长期有一条密道，而建文帝就借用这条密道逃走了。另外一种说法是建文帝在兵败之后自焚而死。

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